Module: Praktijkopdracht Bio-informatica 2

Cursusdoelen (leerdoelen)

Na afronding van de cursus is de student in staat om zelfstandig

• Het kunnen omzetten van een biologisch of chemisch proces in een plan van aanpak voor het maken van een simulatie volgens bepaalde voorschriften.
• Functionaliteit toe te voegen aan een Python template script gegeven een beschrijving.
• Berekeningen uit te voeren aan posities in een 3D-coordinaten stelsel.
• Het product van een simulatie kritisch te beschrijven in een verslag.
• Gegeven documentatie van een Python bibliotheek tot de juiste implementatie te komen voor een beschreven probleem.

Inhoud

Tijdens het practicum wordt van een zelf gekozen (bio-)chemisch proces een inzichtelijke simulatie ontwikkeld. Deze simulatie kan schematisch (versimpelde weergave) of op atomistisch model middels Python code en de POV-Ray raytracer gemaakt worden.

beoordeling Voorafgaand aan het werken aan de eind simulatie zijn er een drietal beoordeelde deelopdrachten welke de student laten kennismaken met de benodigde Python bibliotheken (pypovray en vapory). Het eindproduct is een enkel Python programma met de gegenereerde simulatie-video. Daarnaast wordt er over de simulatie een compleet verslag geschreven.

beoordelingscriteria

1. Deelopdrachten: 20%
   • a. Basis gebruik pypovray bibliotheek
   • b. Animeren middels objecten en camera
   • c. Werken met moleculen vanuit PDB-bestand(en)
2. Eindopdracht: 40%
   • a. Simulatie (video)
   • b. Code (kwaliteit; gebruik van functies, documentatie en structuur)
   • c. Compleetheid opdracht (README, PDB-bestanden, andere benodigdheden)
3. Verslag: 40%

Literatuur en andere bronnen

Web

• Blackboard course thema 2
  • Inlevermap (digitale) deelopdrachten
  • Presentaties
• Bitbucket repository: https://bitbucket.org/mkempenaar/pypovray
  • Python bibliotheken
  • Documentatie
  • Deelopdrachten

Competenties

1(I), 2(I), 3(I), 5(I), 9(I), 10(I), 11(I), 13(I)

Werkvormen

• Praktijkopdrachten/Projectonderwijs

Ingangseisen

-

Ingangseisen toets

-

Voorkennis

Basis kennis Python programmeren (iteratie, imports, functies) en verslaglegging.

Voorkennis kan worden opgedaan met

• Informatica I
• Informatica II
• Rapporteren

Bronnen van zelfstudie

-

Verplicht materiaal

-

Aanbevolen materiaal

-