Kwartaal 2.2: BLAST basics

Thema-coordinator: Jasper Bosman [BOJP]

Dit thema is gericht op "functional genomics", een onderdeel van de moleculaire biologie die zich bezighoudt met het beschrijven en voorspellen van de functies en interacties van genen en eiwitten. Dit door gebruik te maken van genoom- en transcriptoom-gegevens, zoals genoom- en RNA-sequencing data. Om te kijken welke functionele elementen, genen, promotor sequenties en andere regulerende elementen in het onbekende DNA verborgen zijn wordt er gebruik gemaakt van een verscheidenheid aan NGS-tools. Daarnaast zal ook Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), het meest gebruikte algoritme om DNA-volgordes met elkaar te vergelijken, een belangrijke rol gaan spelen. De data zal gericht zijn op veranderingen in genexpressie in relatie met functionele annotatie. Uitkomsten zullen in een database worden opgeslagen, zodat deze gebruikt kunnen worden voor metabolische route analyses.