Module: Praktijkopdracht Thema 6

Cursusdoelen (leerdoelen)

Aan het einde van dit kwartaal heeft de student volgende vaardigheden opgedaan: • Onderzoeksdoel, het beantwoorden van jou specifieke onderzoeksvraag • Het maken van een in Python geschreven analyse pipeline. • Samenwerking, organiseren en op een constructieve manier communiceren (leerlijn ondernemerschap) • Het gebruik en principe van Trello (trello.com) begrijpen en toepassen • Leren plannen en hierop reflecteren (leerlijn ondernemerschap) • Het leren interpreteren van een onderzoeksvraag en de juiste strategie bedenken om deze te kunnen beantwoorden aan de hand van een verkregen dataset • Het inzicht krijgen in verschillende genomics-tools, hun functioneren en gebruik • BLAST-resultaten te interpreteren en de invloed van de BLAST-settings te beredeneren en analyseren. • Een eigen ontworpen Python pipeline programma ontwikkelen • Wetenschappelijke literatuur op een goede manier te gebruiken en te verweken in een verslag. • Resultaten verkregen vanuit een bio-informatica onderzoek op een heldere manier te presenteren en te communiceren.

Inhoud

Dit thema is gericht op “functional genomics”, een onderdeel van de moleculaire biologie die zich bezighoudt met het beschrijven en voorspellen van de functies en interacties van genen en eiwitten. Dit door gebruik te maken van genoom- en transcriptoom-gegevens, zoals genoom- en RNA-sequencing data. Om te kijken welke functionele elementen, genen, promotor sequenties en andere regulerende elementen in het onbekende DNA verborgen zijn wordt er gebruik gemaakt van een verscheidenheid aan NGS-tools. Daarnaast zal ook Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), het meest gebruikte algoritme om DNA-volgordes met elkaar te vergelijken, een belangrijke rol gaan spelen. De data zal gericht zijn op veranderingen in genexpressie in relatie met functionele annotatie. Samenwerking in teamverband speelt een belangrijke rol in dit thema, er wordt samengewerkt in teams van 4 studenten. Uiteindelijk zal ieder team een eigen pipeline hebben geconstrueerd. Deze pipeline moet instaat zijn om een wetenschappelijke vraag, verkregen vanuit het werkveld, te beantwoorden. Dit thema heeft een sterke relatie met de leerlijn ondernemerschap. Planning en samenwerking staan hierin centraal.

Literatuur en andere bronnen

Literatuur

• Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics 2nd edition
• Practicumhandleiding thema 6

Web

• http://ncbi.nlm.nih.gov/

• http://www.python.org

• http://virome.dbi.udel.edu
• http://www.mgc.ac.cn/VFs/
• Blackboard course thema 6

Competenties

1(I), 2(I), 3(I), 4(I), 5(II), 6(II), 7(II), 11(I), 12(I), 13(I)

Werkvormen

• Praktijkopdrachten/Projectonderwijs

Beoordeling op Kwaliteit van de opgeleverde deelopdrachten. Studenten worden beoordeeld op een tal van onderdelen.

• Draft van verslag ingeleverd
• Afspraak gepland voor bespreking van draft

• Verslag op tijd ingeleverd

• Gebruik van Trello

• Gebruik van Bitbucket

• Aanwezigheid

Bij de eerste 3 onderdelen geldt: indien dit onderdeel in volbracht er per onderdeel 0.2 punt van de werkhouding beoordeling wordt afgehaald.

Bij gebruik van Trello en Bitbucker geldt: bij onvoldoende beoordeling nog eens 1 punt per onderdeel van de werkhouding wordt afgetrokken.

Uiteindelijk zijn er 3 cijfers: gecorrigeerde werkhouding, presentatie en verslag. Het uiteindelijke cijfer is: 20% werkhouding, 20% presentatie en 60% verslag.

Ingangseisen

-

Ingangseisen toets

-

Voorkennis

-

Voorkennis kan worden opgedaan met

-

Bronnen van zelfstudie

• Katrine Grimstrup Joensen et al. Real-Time Whole-Genome Sequencing for Routine Typing, Surveillance, and Outbreak Detection of Verotoxigenic Escherichia coli. Journal of Clinical Microbiology. 2014 Volume 52
• John Vollmers, Sandra Wiegand, Anne-Kristin Kaster. Comparing and Evaluating Metagenome Assembly Tools from a Microbiologist’s Perspective - Not Only Size Matters!. PLoS ONE. 2017 Volume 12
• K. Eric Wommack et al. VIROME: a standard operating procedure for analysis of viral metagenome sequences. Standards in Genomic Sciences. 2012 Volume 6
• Lihong Chen et al. VFDB: a reference database for bacterial virulence factors. Nucleic Acids Research. 2005 Volume 33

Verplicht materiaal

-

Aanbevolen materiaal

-